Oczyszczanie jelita grubego wzmacnia mięśnie okrężnicy i poprawia jej ruchy perystaltyczne. Po hydrokolonoterapii wzrasta też w jelitach ilość prawidłowej flory bakteryjnej, niezbędnej do zapewnienia nam właściwego poziomu niektórych witamin. Jeżeli zabieg przeprowadzany jest przy zastosowaniu nowoczesnej, atestowanej aparatury, we właściwych warunkach, przez fachowy personel medyczny, jest niezwykle skuteczną metodą pozwalającą w sposób higieniczny, całkowicie bezbolesny i pozbawiony doznań zapachowych usunąć nagromadzone w obrębie okrężnicy sole metali ciężkich, grzyby, pleśnie, drożdże, pasożyty, konserwanty, produkty fermentacji i procesów gnilnych, trujące pozostałości przemiany materii – złogi zwane kamieniami kałowymi. Tak przeprowadzone zabiegi są nie tylko nieszkodliwe dla mikroflory jelitowej, ale wręcz bardzo pożyteczne. Również nie należy się obawiać tzw. syndromu leniwego jelita na tle zabiegów irygacji jelita grubego. Prawidłowo przeprowadzony zabieg ma wręcz efekt wzmacniający mięśniówkę jelit. Ani w naszej praktyce ani nigdzie w literaturze medycznej nie spotkaliśmy się z przypadkiem uszkodzenia jelita podczas prawidłowo prowadzonego zabiegu hydrokolonoterapii.