Nieprawdziwe są, podnoszone często przez niezorientowanych opinie, że zabieg ten rodzi szczególne ryzyko perforacji jelita. Jeżeli zabieg hydrokolonoterapii przeprowadzany jest przy zastosowaniu nowoczesnej, atestowanej aparatury, we właściwych warunkach, przez fachowy personel medyczny, jest niezwykle skuteczną metodą pozwalającą w sposób bezpieczny, higieniczny, całkowicie bezbolesny i pozbawiony doznań zapachowych usunąć nagromadzone w obrębie okrężnicy sole metali ciężkich, grzyby, pleśnie, drożdże, pasożyty, konserwanty, produkty fermentacji i procesów gnilnych, trujące pozostałości przemiany materii – złogi zwane kamieniami kałowymi.
Na podstawie analizy przypadków należy stwierdzić, że o takim ryzyku, podobnie jak o ryzyku zakażenia można mówić raczej w odniesieniu do zabiegu kolonoskopii (metoda badania dolnego odcinka przewodu pokarmowego polegająca na oglądaniu wnętrza jelita grubego przy użyciu wprowadzonego przez odbyt specjalnego wziernika zakończonego kamerą). Podobnie podczas zabiegu dializy nerek ryzyko zakażenia jest znacznie większe.