Pojawiają się od czasu do czasu opinie, o ryzyku związanym z tym zabiegiem. Są one o tyle uzasadnione, o ile jest on wykonywany przez niewykwalifikowany personel, bez zachowania właściwych warunków bezpieczeństwa i higieny, w placówkach nieprzystosowanych do świadczenia usług medycznych, a tak się niestety bardzo często zdarza, W końcówce lat 90 tych pojawiło się kilka doniesień o poważnych powikłaniach a nawet zgonach pacjentów, jednak miało to miejsce w takich właśnie placówkach bez nadzoru wykształconego personelu medycznego.
Najprawdopodobniej z tego powodu wielu lekarzy wypowiadających się na ten temat tworzy sytuację, którą można porównać do wylewania dziecka z kąpielą. We wszystkich tych opisanych przypadkach, jak wykazało postępowanie przed sądem, zaniedbano podstawowe zasady postępowania i dlatego doszło do tak dramatycznych konsekwencji. Nie wolno zapominać, że element ryzyka związany jest z każdą procedurą medyczną. Nawet powszechnie stosowane leki np. przeciwbólowe czy przeciwzapalne, użyte w nadmiarze mogą wywołać negatywne konsekwencje zdrowotne. Dotyczy to jednak wszystkich procedur medycznych. Wszędzie tam, gdzie pracują ludzie może dojść do błędów, czy wręcz karygodnych zaniedbań.
Dlatego rzeczywiście należy piętnować wszystkie przypadki gdzie zabiegi są wykonywane w placówkach, które nie mają statusu zakładów opieki medycznej i nie są poddane reżimowi sanitarnemu właściwemu dla tego typu placówek. Niedopuszczalne jest również, żeby zabiegi te były wykonywane przez personel nieposiadający odpowiedniego przygotowania medycznego i bez nadzoru lekarza.
Jeżeli jednak spełnione są te wymogi, zabieg hydrokolonotetapii jest jak najbardziej bezpieczny. Nie ma żadnych badań naukowych, które dowodziłyby szkodliwości tego zabiegu dla zdrowia.