Program żywieniowy musi spełniać szereg wymagań, aby zapewnić właściwą podaż składników odżywczych i minerałów. W okresie stosowania eliminacyjnej diety rotacyjnej należy ją modyfikować i dostosowywać do indywidualnych potrzeb organizmu pacjenta. Długotrwały niedobór składników odżywczych i mineralnych na skutek stosowania źle zbilansowanej diety może być szkodliwy dla zdrowia. W wyniku stosowania diety eliminacyjno-rotacyjnej, u osób z nadwagą następuje przyśpieszona lipoliza, czyli proces rozkładu trójglicerydu w tkance tłuszczowej. Do krwi wyrzucane są ogromne ilości toksyn nagromadzone właśnie w tkance tłuszczowej. Krążąc w organizmie, mogą zaburzyć funkcjonowanie niemal wszystkich organów, łącznie z układem nerwowym. Dlatego też konieczna jest opieka lekarza i konsultacja z dietetykiem, niezbędna do omówienia wyników testu i dalszych kroków w Terapii Fenotypowej.