Tlenoterapia hiperbaryczna stosowana przez odpowiednio wyszkolony personel jest zabiegiem bezpiecznym, jednak istnieje kilka przeciwwskazań do tego zabiegu. Są to:
- zapalenie zatok obocznych nosa
- ostre schorzenia uszu
- drgawki w wywiadzie
- leczenie cis-platyną
- wysoka temperatura
- odma płuc w wywiadzie
- zabiegi operacyjne w obrębie klatki piersiowej i układu oddechowego
- zapalenie nerwu wzrokowego
- ciąża
- rozrusznik serca
- choroby płuc z retencją dwutlenku węgla
- krwotok